Joda, du trenger ikke engang forskjellige prefiks'es dersom du har mulighetetn til å opprette flere databaser. Jeg regner med at du har flere domener tilknyttet "samme" server, som igjen betyr at du kan opprette flere databaser.
Hvis du kun har ett standard webhotell, er det mange som ikke tilbyr mer enn en database. Da må du bruke pre_fixes, som f.eks wp_ og wp2_ til wordpress 1 og 2. Personlig syntes jeg dette blir veldig rotete.
Hvis du da også ønsker to forskjellige CMS på samme domene, pass på så du ikke får URL kræsj, om du f.eks ikke bruker subdomain (wildcards) eller lignende.